از آنجا که سمت دبیر به عنوان یک عضو شورا در قانون اساسی نیامده، معمولا دبیر با هماهنگی بین رئیس جمهوری و رهبری انتخاب می شود و در رسمی نانوشته، مقام معظم رهبری دبیر منصوب را به عنوان یکی از دو نماینده خود در شورا منصوب می‌کنند تا دبیر در جلسات این شورای مهم حق رای هم داشته باشد